وألَّف بعض كتبه وهو في السجن، منها في السجن بمصر: الرد على البكري (١)، والرد على الأخنائي (٢)، وألَّف منهاج السنة النبوية وهو في مصر، وألَّف ما لا يحصى في السجن بالقلعة (٣) بدمشق.
وقد جرت له بسبب بعض مؤلفاته وفتاويه محن من السجن، والنيل من العرض بغير حق، كما جرى له بسبب الحموية والواسطية، وبسبب فتواه في الطلاق بالثلاث، وبالحلف بالطلاق، وفتوى الزيارة وشد الرحال، وغيرها.
هذا مع ما حصل له في بعض سجناته من منع الدواة (٤) والقلم، وإخراج ما عنده