وبجانب إمامة القرافي في العلوم النقلية والعقلية الشرعية، كانت له معرفة ثاقبة ببعض العلوم التجريبية، ومشاركاته في هذا المضمار تُعْلن عن تبحُّره وتفنُّنه.
فله اطلاع واسع بالطب، فها هو يقول في " نفائس الأصول " (٦ / ٢٦٠٢) بأن الترياق (١) نافع إلا إذا استعمله الممتلئ، أو صغير السن، أو أُخذ منه مقدار كبير، فإنه يقتل. وقال في النفائس (١ / ٤٥٩) عن " ماء الهِنْدِباء " (٢) : إنها تفتح سَدَد الكبد. وقال عن الَبَقْلة الحمقاء (٣) المسماة بالرِّجْلة بأن عادة الأطباء يصفون بَزْرَها لتسكين العطش (٤) .
وقد استعمل الحساب والجبر والمقابلة في باب " الفرائض " من كتابه
" الذخيرة " (٥) وهو أمر لم يُسْبق إليه من قَبْلُ في كتب المالكيين. كما له تصنيف في الرياضيات (٦) .
وتحدث عن علم الفلك والمواقيت حديث العالم الخبير، فبيَّن ما يشتمل عليه من العروض والأطوال والقطب والكوكب والشمس والرياح، وذلك عند الكلام على تحديد القبلة للمصلِّي في كتابه: " الذخيرة " (٧) .